杭州江南專修學院，下設院黨政辦公室、教務處、學工處、財務處、后勤處、保衛處、團委。

為了更好地加強學院專業建設、逐步完善學院院系兩級管理構架，鑒于學院發展需要，經學院董事會研究，決定杭州江南專修學院下設三個分院和四個教學管理部，做為學院的二級教學管理機構。

三個分院為：

1、電商與高端應用學院

2、新媒體藝術學院

3、鐵道與航空管理學院

四個教學管理部為：

1、中專部

2、基礎部

3、護理部

4、繼續教育部

杭州江南專修學院董事會